Oczyszczanie ścieków szpitalnych zawiera pewne specjalne zanieczyszczenia, takie jak leki, środki dezynfekujące, środki diagnostyczne, detergenty i dużą liczbę chorobotwórczych mikroorganizmów, jaja pasożytów i różne wirusy, takie jak jaja robaka okrągłego, wirus zapalenia wątroby, gruźlica i dyzenteria itp. Ponadto w ściekach szpitali z klinikami izotopowymi znajdują się substancje promieniotwórcze, takie jak promień 226, fosfor, złoto 198 i jod 131. W porównaniu z ściekami przemysłowymi i ściekami domowymi, oczyszczanie ścieków szpitalnych ma charakterystykę małej objętości wody i silnego zanieczyszczenia. Jeśli zostanie zrzucony bezpośrednio do środowiska bez oczyszczania, nieuchronnie zanieczyszczy źródło wody i rozprzestrzeni chorób.
Technologia bioreaktora membranowego (MBR) stanowi bardziej efektywny system usuwania patologicznych mikroorganizmów w porównaniu z istniejącymi systemami oczyszczania ścieków. MBR może skutecznie zaoszczędzić zużycie środków dezynfekujących szpitalne oczyszczanie ścieków (dodatek chloru może zmniejszyć się do 1,0 mg/L), skrócić czas reakcji (około 1,5 min, 2,5–5% konwencjonalnego procesu oczyszczania ścieków) i osiągnąć dobry efekt inaktywacji mikroorganizmów. Wyższą skuteczność dezynfekcji osiąga się w ściekach MBR przy mniejszej dawce środka dezynfekującego przy mniejszej liczbie produktów ubocznych dezynfekcji (DBP).